Ashkenazim son cfDNA (EGFR)

Ashkenazim son cfDNA ist intensivst charakterisierte humane cfDNA aus Zelllinien. Hergestellt für Liquid Biopsy Untersuchungen in ihrem Labor oder F&E-Abteilung. Angaben zum Mutationsstatus von spezifischen Genen und Whole Genome Sequencing (WGS) Daten sind frei zugänglich durch das Personal Genome Project (PGP) und eigener Qualitätssicherung.

Artikelnummer: SID-0003-1 Kategorie:

Produktinformation

Empfohlene Nutzung:

Diese Produkte sind in idealer Weise geeignet für digitale PCR und/oder Next Generation Sequencing (NGS). Insbesondere zur

1. Validierung und Entwicklung von Sequenzierprotokollen (z.B. Amplicon Sequencierung) und PCR-Protokollen
2. Spike-In Experimente mit synthetischen cfDNA Fragmenten
3. Kontrolle bei Workflow-Validierungen (NGS, PCR, …)
4. Vergleich der eigenen NGS Performance mit frei verfügbaren Datensätzen
5. Negativkontrolle für EGFR Mutationen (p.G719S, p.E746_A750delELREA, p.S752_I759delSPKANKEI, p.S768I, p.V769_D770insASV, p.T790M, p.L858R, p.L861Q)

Menge pro Einheit:
400ng

Konzentration:
20 ng/µl

Mutation:

AA Change (Cosmic ID, Mutation type, HGVS Nomenklatur, Exon)

  • p.G719S (COSM6252*, Substitution, c.2155G>A, Exon 18)
  • p.E746_A750delELREA (COSM6225*, Deletion, c.2236_2250del15, Exon 19)
  • p.S752_I759delSPANKEI (COSM6256*, Deletion, c.2254_2277del24, Exon 19)
  • p.S768I (COSM6241*, Substitution, c.2303G>T, Exon 20)
  • p.V769_D770insASV (COSM20884*, Insertion, c.2303_2304ins9, Exon 20)
  • p.T790M (COSM6240*, Substitution, c.2369C>T, Exon 20)
  • p.L858R (COSM6224*, Substitution, c.2573T>G, Exon 21)
  • p.L861Q (COSM6213*, Substitution, c.2582T>A, Exon 21)

Allelfrequenz
0%

Puffer:
Tris-EDTA (10 mM Tris, 1 mM EDTA), pH 8,0

Lagerung:
2-8 °C

Haltbarkeit:
stabil bis 12 Monate nach Herstellungsdatum (wie geliefert)

Qualitätssicherung

Fragmentgröße:
High Sensitivity DNA Kit Agilent

Allelfrequenz:
dPCR

Quantifizierung:
UV-Vis Spectrophotometry (NIST-Referenzmethode)

Technischer Hintergrund

Ursprung:
cell line GM24385 (HG002- NA24385 – huAA53E0)

Bioinformatik:
– lot specific sequencing files: LOT Search
– High-confidence variant calls: ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/giab/ftp/release/AshkenazimTrio
– Raw datasets and bam files, currently including 10X Genomics, BioNano, Complete Genomics regular and LFR, 300x Illumina paired-end, Illumina 6kb mate-pair, 1000x Ion exome, custom moleculo libraries, ~0.05x Oxford Nanopore, and 70x/30x/30x PacBio: ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/giab/ftp/data/AshkenazimTrio/HG002_NA24385_son/

Dokumente

Analysenzertifikat:

Batch Certificate


Lot: 00004

weitere Dokumente:

Sicherheitsdatenblatt

Gebrauchsanweisung